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Une étude élucide les risques d’importation et la propagation disproportionnée des variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 aux Pays-Bas

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Dans une étude récente publiée sur le site Web de l medRxiv* Les chercheurs ont utilisé le séquençage du génome entier (WGS) pour explorer la dynamique de transmission de quatre variantes préoccupantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) – Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.351), Gamma (P.1) et Delta (B.1.617.2) – aux Pays-Bas.

Étude : Importation régionale et propagation asymétrique à l'intérieur du pays des variants du SRAS-CoV-2 préoccupants aux Pays-Bas. Crédit image : GoodStudio/Shutterstock
Étude : Importation régionale et propagation asymétrique à l’intérieur du pays des variants du SRAS-CoV-2 préoccupants aux Pays-Bas. Crédit image : GoodStudio/Shutterstock

Fond d’écran

En 2021, les quatre COV circulaient dans le monde entier, et ils ont fait resurgir des épidémies de coronavirus 2019 (COVID-19), entravant les efforts de contrôle de la pandémie dans le monde entier. Parmi eux, les COV Alpha et Delta dominaient principalement aux Pays-Bas. Le gouvernement néerlandais a donc restreint les vols en provenance des pays où Alpha et Delta étaient apparus pour la première fois, mettant simultanément en œuvre plusieurs interventions non pharmaceutiques (INP) pour atténuer leur effet entre 2020 et 2021.

Plus important encore, le gouvernement a lancé un programme de surveillance à l’échelle nationale et a intensifié ses efforts de WGS pour surveiller l’introduction et la propagation des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, qui s’étend sur 48 semaines entre septembre 2020 et août 2021, les chercheurs ont séquencé de manière aléatoire 39 844 génomes entiers de haute qualité du SRAS-CoV-2 à partir des 1 792 759 échantillons positifs au SRAS-CoV-2 confirmés en laboratoire, afin de caractériser les risques d’importation et la propagation des COV Alpha, Beta, Gamma et Delta aux Pays-Bas.

Ils ont utilisé l’assignation de lignée NextClade pour génotyper les échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2.

Pour mieux comprendre l’introduction à l’étranger des COV du SRAS-CoV-2, les chercheurs ont sous-échantillonné un ensemble représentatif de séquences néerlandaises et étrangères recueillies au cours de la même période. Ils ont reconstruit des phylogénies à échelle temporelle et à maximum de vraisemblance (ML) et ont utilisé une approche bayésienne pour effectuer des analyses de caractères distincts sur ces arbres phylogéniques fixes.

Ils ont utilisé un ensemble différent de données WGS Alpha et Delta pour des analyses phylogéographiques continues afin d’estimer les événements d’introductions d’autres pays aux Pays-Bas pour les quatre COV et de reconstruire l’origine des souches ancestrales.

Enfin, l’équipe de recherche a ajusté les données hebdomadaires des COV échantillonnés à un modèle de croissance logistique pour quantifier les taux de croissance des COV Alpha et Delta aux Pays-Bas.

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Résultats de l’étude

Le WGS a génotypé la plupart des échantillons recueillis pendant la phase initiale de l’étude pour le clade 20A et ses sous-lignées, 20B et 20E. L’introduction de NPI, comme la fermeture des établissements de nuit et des restaurants en octobre 2020, a réduit les cas de ces lignées circulant jusqu’en décembre 2020 aux Pays-Bas.

Les Pays-Bas ont imposé un verrouillage à l’échelle nationale après le premier cas Alpha, signalé le 5 décembre 2020. Bien que le confinement ait légèrement diminué le nombre de cas Alpha, cette lignée est restée le principal COV circulant du SRAS-CoV-2 en février 2021, c’est-à-dire à la semaine 6 de la période d’étude. Par la suite, les COV Beta et Gamma ont également été identifiés grâce aux efforts de WGS, mais ils n’ont pas supplanté Alpha.

Lorsque les cas d’Alpha ont commencé à diminuer à la fin du mois d’avril 2021, le gouvernement néerlandais a commencé à assouplir les restrictions de confinement. À peu près au même moment, le WGS a identifié le premier cas Delta aux Pays-Bas et, en juin 2021, le COV Delta représentait 24 % de tous les génomes séquencés.

En juin 2021, la prévalence du SRAS-CoV-2 était la plus faible aux Pays-Bas, avec seulement 8 690 cas de SRAS-CoV-2 positifs. Cependant, dans la semaine qui a suivi la réouverture, les cas de COVID-19 ont grimpé à plus de 50 000 au cours des semaines 26 et 27 (juillet 2021), et la plupart étaient dus à Delta. En trois semaines seulement, Delta a remplacé Alpha en tant que COV dominant du SRAS-CoV-2 aux Pays-Bas, plus de 90 % des génomes surveillés étant attribués au variant Delta à la mi-juillet 2021. En outre, les cas Delta ont rapidement augmenté au niveau interrégional à la fin du mois de juin 2021, comme l’indique l’augmentation estimée de plus de 400 % du nombre total de déplacements de branches phylogénétiques en juillet 2021.

L’étude a estimé que les événements d’introduction à l’étranger les plus importants pour les souches ancestrales provenaient d’Europe, et les COV Alpha, Beta, Gamma et Delta représentaient respectivement 71 %, 29 %, 71 % et 79 % de ces événements. Notamment, ces introductions européennes ont continué à se produire pendant la période d’interdiction des voyages aux Pays-Bas, ce qui suggère la nécessité de restrictions paneuropéennes des vols.

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Les chercheurs ont identifié que les grandes villes densément peuplées du Brabant septentrional, d’Utrecht, de la Hollande septentrionale et de la Hollande méridionale, qui sont également des centres de voyages internationaux et régionaux des Pays-Bas, ont formé le premier noyau (local) de lieux sources dominants en mars 2020.

Les COV Alpha et Delta ont été détectés pour la première fois dans ces endroits et ont circulé principalement dans ces zones au cours des quatre premières semaines après l’introduction, la dispersion vers d’autres régions étant relativement moins fréquente. Par la suite, des échanges bidirectionnels et asymétriques dans les branches phylogénétiques entre différentes régions sont apparus dans tout le pays dans un contexte de verrouillage strict.

En outre, les chercheurs ont observé que le COV Delta présentait un taux de croissance hebdomadaire de 103 %, environ deux fois plus élevé que celui d’Alpha, qui affichait un taux de croissance hebdomadaire de 45 %. Il est intéressant de noter qu’Alpha et Delta ont rapidement remplacé leurs prédécesseurs avec des taux similaires dans la plupart des groupes d’âge.

Conclusions

L’étude a mis en évidence que toutes les lignées de COV détectées aux Pays-Bas entre septembre 2020 et août 2021 provenaient principalement de ses voisins européens. La toute première introduction du SRAS-CoV-2 aux Pays-Bas en février 2020 était due à des voyageurs en provenance du nord de l’Italie, lieu d’ensemencement de la première transmission européenne du SRAS-CoV-2. En outre, même après avoir mis en place des restrictions sur les voyages internationaux, les Pays-Bas sont restés très vulnérables aux risques d’importation de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 en raison des politiques frontalières de l’Union européenne.

Les résultats de l’étude soulignent la nécessité d’une surveillance continue du groupe d’endroits où les COV ont été détectés pour la première fois, afin de recueillir rapidement des informations exploitables sur l’introduction de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 et de contenir rapidement les infections et la transmission ultérieure.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et qui, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, ni guider la pratique clinique/le comportement en matière de santé, ni être traités comme des informations établies.