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Schémas d’émergence de la variante du SRAS-CoV-2 en Alaska

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Contrairement aux autres régions contiguës des États-Unis, l’Alaska a été principalement touché par la lignée B.1.1.519 au début de 2021. Au cours de la même période, les chercheurs ont observé une prévalence de 77,9 % de B.1.1.51 en Alaska, contre 4,9 % dans les autres États américains contigus. Ce résultat indique un événement fondateur de B.1.1.519 en Alaska.

Bien qu’au départ, l’Alaska et les autres États américains aient présenté des profils différents associés aux variantes du SRAS-CoV-2 circulant de manière dominante, les deux régions ont finalement présenté un profil similaire pendant les vagues dominantes Delta et Omicron. Bien que l’incidence de la variante Omicron en Alaska et dans d’autres États américains ait été similaire, l’émergence de sous-lignées au sein de la classification plus large des variantes était différente.

Plusieurs études ont indiqué que les sous-lignées Omicron présentent une divergence significative qui a un impact sur les réponses immunitaires. Ces sous-lignées présentent un risque d’infections récurrentes, ce qui pourrait prolonger la pandémie de COVID-19.

A propos de l’étude

Une nouvelle étude publiée sur le medRxiv* Le serveur preprint évalue le modèle d’émergence des variantes du SRAS-CoV-2 en Alaska. La sous-lignée Omicron rapportée dans l’étude actuelle, BA.2.3, contient plusieurs mutations dont L140F dans la protéine du cadre de lecture ouvert (ORF3a), ainsi que A2909V dans l’ORF1a. Ces mutations sont responsables de la capacité du variant à échapper aux réponses immunitaires et de son taux de réplication accru.

Dans cette étude, les chercheurs ont obtenu des séquences génomiques de la Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) pour étudier le schéma d’incidence et de transmission de la sous-lignée Omicron BA.2.3, également connue sous le nom de B.1.1.529.2.3, en Alaska. Les scientifiques ont comparé ce schéma avec le schéma d’émergence du SRAS-CoV-2 associé au « Bas », c’est-à-dire aux États de la zone contiguë des États-Unis, ainsi qu’à d’autres grands États américains comme , la Californie et Washington.

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Résultats de l’étude

Une prévalence plus élevée de la lignée Omicron BA.2.3 a été signalée en Alaska par rapport à la région du Bas. Pour étudier le modèle d’émergence, les scientifiques ont déterminé la date de la première détection et l’incidence de BA.2.3 dans les deux régions.

À cette fin, les chercheurs ont observé que la variante Omicron a été signalée pour la première fois dans la région d’Anchorage-Mat Su en Alaska, qui est une zone densément peuplée, le 19 décembre 2021. Peu après son incidence, cette variante a remplacé la variante Delta préexistante et est devenue la souche circulant de manière dominante en Alaska et dans les Bas.

La sous-lignée Omicron BA.1.1 a prévalu en Alaska (66,3 %) et dans les basses terres (67,2 %). Pendant ce temps, la sous-lignée Omicron BA.2 a été détectée dans certaines parties des Etats-Unis.

Au 16 janvier 2022, bien que la région du Bas présente une prévalence de 0,2 % de BA.2, l’Alaska ne présente aucune prévalence de ce type. Pendant la même période, l’Alaska a signalé une incidence de 2,7 % de la sous-lignée BA.2.3 (2,7 %), ce qui est comparable à la prévalence de 0,1 % signalée dans la région inférieure.

Pourcentage de séquences par semaine (prévalence estimée) colorées par les lignées du SRAS-CoV-2 détectées du 2021-11-28 au 2022-04-03 en (A) Alaska et (B) dans le Lower 48. Les lignées BA d’Omicron, sauf BA.1.1, BA.2 et BA.2.3, sont regroupées dans B.1.1.529. BA.2 comprend toutes les sous-lignées de BA.2 détectées sauf BA.2.3.

Peu de temps après, les cas de BA.2.3 ont augmenté de manière significative en Alaska, atteignant 45,3 %, par rapport à la région du Bas (6,1 %), de New York (5,5 %), de Washington (17,6 %) et de la Californie (16,2 %). Cette différence de prévalence met en évidence les schémas divergents de BA.2.3.

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Le pourcentage de séquences par semaine (prévalence estimée) appartenant à BA.2.3 colorées par les états incluant l’Alaska, la Californie, New York et Washington détectées du 2021-11-28 au 2022-04-03.

La composition des lignées de SRAS-CoV-2 en Alaska et dans le Bas contient des ensembles différentiels de mutation. L’absence d’autres lignées en Alaska a permis la fondation de BA.2.3 dans la population. Une variation spatio-temporelle de l’incidence et de la transmission des lignées de SRAS-CoV-2 a été identifiée dans une large zone géographique.

L’Alaska compte six régions économiques définies par le ministère américain du Travail et du Développement de la main-d’œuvre, soit les régions du Sud-Ouest, d’Anchorage-Mat Su, de la Côte du Golfe, de l’Intérieur, du Sud-Est et du Nord. Des études de modélisation ont montré que parmi les régions économiques de l’Alaska, la côte du Golfe a enregistré la détection la plus précoce de la BA.2.3., qui est finalement devenue la souche circulante dominante de la région.

Conclusions

Dans la présente étude, le référentiel GISAID a été utilisé pour démontrer l’émergence et les schémas de transmission distincts de la sous-lignée Omicron BA.2.3 du SRAS-CoV-2 en Alaska par rapport à la région inférieure et à d’autres régions des États-Unis. Les chercheurs signalent ici les origines ancestrales potentielles des cas de BA.2.3 en Alaska et leur propagation dans la région économique de l’État. La situation unique de l’Alaska pourrait influencer l’émergence de variantes distinctes du SRAS-CoV-2.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et qui, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, ni guider la pratique clinique/le comportement en matière de santé, ni être traités comme des informations établies.

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Apasionado del running, vegano a los 25 años y comercial de la ropa, me incorporé al equipo de redacción de AltaVision.news en noviembre de 2021