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Les nouvelles souches de SRAS-CoV-2 ont un faible impact sur les lymphocytes T CD8

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Dans une Ă©tude rĂ©cente publiĂ©e sur le site Web de l bioRxiv*, les chercheurs ont Ă©tudiĂ© l’impact des mutations des variants d’intĂ©rĂȘt (VOI) et des variants prĂ©occupants (VOC) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sĂ©vĂšre (SRAS-CoV-2) sur les propriĂ©tĂ©s des lymphocytes T du cluster de diffĂ©renciation 8 (CD8).

Étude : Une analyse in silico prĂ©dit un impact limitĂ© des variants du SRAS-CoV-2 sur la reconnaissance des lymphocytes T CD8. CrĂ©dit image : artofvisionn/Shutterstock
Étude : Une analyse in silico prĂ©dit un impact limitĂ© des variantes du SRAS-CoV-2 sur la reconnaissance des cellules T CD8. CrĂ©dit image : artofvisionn/Shutterstock

Contexte

Des mutations, notamment dans la protĂ©ine spike (S) du SRAS-CoV-2, ont conduit Ă  l’Ă©mergence de nouvelles souches de SRAS-CoV-2 prĂ©sentant une transmissibilitĂ© et une infectivitĂ© accrues. Ces mutations peuvent altĂ©rer la protection immunitaire confĂ©rĂ©e par les infections naturelles et les vaccins. Il est donc important de dĂ©chiffrer l’impact des mutations spĂ©cifiques Ă  une variante sur l’immunitĂ© sĂ©rologique de l’hĂŽte.

Des Ă©tudes antĂ©rieures ont fait Ă©tat de l’immunitĂ© des cellules T Ă  rĂ©action croisĂ©e contre le SRAS-CoV-2 avec une meilleure clairance virale, une diminution de la gravitĂ© de l’infection, moins de rĂ©infections et une meilleure survie globale des patients. Cependant, il n’existe pas d’Ă©tudes systĂ©matiques sur les effets des mutations spĂ©cifiques de la souche SRAS-CoV-2 sur les propriĂ©tĂ©s des lymphocytes T CD8 mĂ©moire.

À propos de l’Ă©tude

Dans la prĂ©sente Ă©tude, les chercheurs ont examinĂ© les effets des mutations spĂ©cifiques des souches de SRAS-CoV-2 sur les propriĂ©tĂ©s des Ă©pitopes des lymphocytes T, telles que la similaritĂ© de sĂ©quence, l’affinitĂ© de liaison avec les antigĂšnes leucocytaires humains (HLA), l’immunogĂ©nicitĂ© et la probabilitĂ© d’identification croisĂ©e des Ă©pitopes par les rĂ©cepteurs des lymphocytes T entre les souches de SRAS-CoV-2. Les COV Ă©valuĂ©s Ă©taient Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron, tandis que les VOI Ă©valuĂ©s Ă©taient Lamba, C.37, Mu, Delta Plus et AY 4.2. La souche SARS-CoV-2-Wuhan-Hu-1 a Ă©tĂ© considĂ©rĂ©e comme la souche de rĂ©fĂ©rence dans cette Ă©tude.

Des analyses pan-protĂ©omiques et spĂ©cifiques Ă  la souche S ont Ă©tĂ© rĂ©alisĂ©es pour Ă©valuer la protection confĂ©rĂ©e par l’infection naturelle et les vaccins, respectivement. Les mutations spĂ©cifiques Ă  la souche qui ont Ă©tĂ© dĂ©tectĂ©es dans 75 % des sĂ©quences de la base de donnĂ©es GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) de la lignĂ©e PANGO (Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak) correspondante ont Ă©tĂ© rĂ©pertoriĂ©es.

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Les paires d’Ă©pitopes spĂ©cifiques du lymphocyte T SARS-CoV-2 (Ă©pitopes de rĂ©fĂ©rence et Ă©pitopes variants) ont Ă©tĂ© analysĂ©es en utilisant les donnĂ©es des Ă©pitopes spĂ©cifiques S et non S (pan-protĂ©omiques) du SARS-CoV-2 des patients atteints de la maladie Ă  coronavirus 2019 (COVID-19) avec les donnĂ©es tĂ©lĂ©chargĂ©es de la base de donnĂ©es des Ă©pitopes immunitaires (IEDB). Les tableaux des mutations et des Ă©pitopes reconnus par les lymphocytes T du SRAS-CoV-2 ont Ă©tĂ© croisĂ©s et tous les pools comportant des peptides se chevauchant ont Ă©tĂ© retirĂ©s de l’analyse.

La similaritĂ© de sĂ©quence entre les paires d’Ă©pitopes a Ă©tĂ© dĂ©terminĂ©e sur la base des propriĂ©tĂ©s biochimiques des acides aminĂ©s et de l’outil de regroupement IEDB. Le seuil d’identitĂ© de sĂ©quence a Ă©tĂ© fixĂ© Ă  80 %. L’outil de prĂ©diction de l’immunogĂ©nicitĂ© du peptide-MHC (pMHC) de classe I des lymphocytes T de la base de donnĂ©es IEDB a Ă©tĂ© utilisĂ© pour Ă©valuer le potentiel immunogĂšne des Ă©pitopes mutĂ©s.

Au total, 93 Ă©pitopes uniques de cellules T portaient une ou plusieurs mutations, dont l’Ă©nergie de liaison HLA de 74 Ă©pitopes a Ă©tĂ© Ă©valuĂ©e en tant que valeurs de concentration inhibitrice semi-maximale (IC50). En outre, les variations de l’affinitĂ© de liaison dues aux mutations ont Ă©galement Ă©tĂ© calculĂ©es. Les changements de deux fois et de 0,5 fois ont Ă©tĂ© interprĂ©tĂ©s comme une diminution et une augmentation de l’affinitĂ© de liaison, respectivement, et ceux entre ces deux valeurs ont Ă©tĂ© interprĂ©tĂ©s comme Ă©tant conservĂ©s. On a constatĂ© que les Ă©pitopes se liaient Ă  27 allĂšles HLA, avec une moyenne de trois Ă©pitopes par allĂšle.

RĂ©sultats

Au total, 973 et 263 Ă©pitopes pan-protĂ©omiques et spĂ©cifiques de S, spĂ©cifiques des lymphocytes T CD8 du SRAS-CoV-2 ont Ă©tĂ© identifiĂ©s, respectivement, dont 99 % et 95 % des Ă©pitopes n’ont pas Ă©tĂ© modifiĂ©s par des mutations spĂ©cifiques de la variante, respectivement. Alors que les paires d’Ă©pitopes mutĂ©s pan-protĂ©omiques prĂ©sentaient un degrĂ© Ă©levĂ© de similaritĂ© de sĂ©quence, la similaritĂ© de sĂ©quence Ă©tait significativement plus faible (<85%) pour les paires d'Ă©pitopes spĂ©cifiques de S en raison de la prĂ©sence de mutations accrues dans les variantes Delta, AY.4.2 et Omicron.

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Les isotopes mutĂ©s pan-protĂ©omiques Ă©taient les plus et les moins immunogĂšnes pour les variants Omicron et Lamba, respectivement, tandis que les Ă©pitopes spĂ©cifiques de S Ă©taient plus immunogĂšnes pour les variants Alpha, AY.4.2 et Omicron. L’affinitĂ© de liaison HLA des Ă©pitopes spĂ©cifiques de S Ă©tait significativement plus faible pour les variants Delta, Mu et AY.4.2.

L’immunogĂ©nicitĂ© des Ă©pitopes mutĂ©s pan-protĂ©omiques Ă©tait soit augmentĂ©e (47%), soit inchangĂ©e (28%), soit diminuĂ©e (24%). Pour les Ă©pitopes mutĂ©s spĂ©cifiques de S, les valeurs d’immunogĂ©nicitĂ© correspondantes Ă©taient respectivement de 63%, 20% et 15%. En moyenne, 37%, 50% et 12% des Ă©pitopes mutĂ©s pan-protĂ©omiques ont prĂ©sentĂ© une affinitĂ© de liaison HLA diminuĂ©e, Ă©quivalente et accrue, respectivement. Les valeurs correspondantes pour les Ă©pitopes spĂ©cifiques de S Ă©taient de 48 %, 44 % et 6 %, respectivement.

En rĂ©sumĂ©, les rĂ©sultats de l’Ă©tude indiquent que les Ă©pitopes spĂ©cifiques de S ont Ă©tĂ© plus profondĂ©ment affectĂ©s concernant la similaritĂ© de sĂ©quence, l’immunogĂ©nicitĂ© et l’affinitĂ© de liaison HLA, par rapport aux Ă©pitopes pan-protĂ©omiques. Cependant, dans l’ensemble, les cellules T CD8 ont dĂ©montrĂ© une immunitĂ© de protection croisĂ©e Ă©levĂ©e induite par des vaccins ou une infection naturelle.

Le faible impact global des mutations sur la reconnaissance croisĂ©e des cellules T CD8 pourrait s’expliquer par le fait que les mutations du SRAS-CoV-2 sont principalement dues Ă  des modifications de l’affinitĂ© de liaison des rĂ©cepteurs et aux pressions de sĂ©lection des anticorps exercĂ©es sur la protĂ©ine S, sans lien avec l’immunitĂ© des cellules T.

*Avis important

bioRxiv publie des rapports scientifiques prĂ©liminaires qui ne sont pas Ă©valuĂ©s par des pairs et qui, par consĂ©quent, ne doivent pas ĂȘtre considĂ©rĂ©s comme concluants, ni guider la pratique clinique/le comportement en matiĂšre de santĂ©, ni ĂȘtre traitĂ©s comme des informations Ă©tablies.