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L’analyse du génome du SRAS-CoV-2 pourrait renforcer la surveillance de la maladie

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Une étude suggère que la surveillance continue de l’évolution du virus responsable du COVID-19 au fur et à mesure de la progression de la pandémie pourrait renforcer les systèmes de surveillance de la maladie et aider à se préparer à l’apparition de nouvelles variantes.

L’année dernière, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a indiqué que l’identification de la composition génétique du virus à l’origine du COVID-19 appelé SRAS-CoV-2 pourrait jouer un rôle essentiel dans le contrôle de la pandémie de COVID-19.

Selon l’étude publiée dans Nature Communications ce mois-ci (6 mai), les chercheurs ont évalué la diversité génétique des variantes du SRAS-CoV-2 qui ont été liées aux infections survenues au Ghana entre mars 2020 et septembre 2021.

Nous avons observé l’importation de différents variants, y compris les variants préoccupants (Alpha, Beta, Eta et Kappa) en janvier et mars 2021, et la détection ultérieure de Delta en juin 2021. « 

Collins Morang’a, coauteur de l’étude et bioinformaticien au Centre ouest-africain de biologie cellulaire des agents pathogènes infectieux de l’université du Ghana.

« Les voyageurs en provenance de pays voisins tels que le Burkina Faso, la Côte d’Ivoire et le Nigeria présentaient certains de ces variants, bien qu’ils n’aient pas été signalés dans ces pays à l’époque. »

Selon l’étude, un total de 1 123 génomes composés d’échantillons provenant de 121 voyageurs et de 1 002 membres de la communauté ont été analysés, ce qui a permis d’observer que différents variants étaient responsables des vagues de la maladie COVID-19 dans le pays.

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« La diversité génétique des infections par le SRAS-CoV-2 représente les différences intrinsèques entre les variantes du SRAS-CoV-2… qui pourraient augmenter la capacité du virus à se lier facilement aux cellules humaines, réduire la capacité du système immunitaire humain à tuer le virus, réduire la capacité à détecter le virus lors des tests, et/ou augmenter la capacité du virus à se multiplier dans l’organisme », indique l’étude.

Morang’a, a expliqué que l’étude permet de mieux comprendre les variantes qui ont circulé ou circulent encore et comment elles pourraient limiter l’efficacité des vaccins.

Morang’a a déclaré que le stockage de toutes les données génomiques et l’analyse bioinformatique ont été effectués sur le cluster de calcul à haute performance de l’Université du Ghana, puis déposés dans une base de données du GISAID, une initiative mondiale pour le partage des données sur la grippe, qui est librement accessible.

« De manière inattendue, une variante qui faisait l’objet d’une surveillance dans des pays comme l’île Maurice avait été détectée chez des voyageurs en provenance du Gabon et du Nigeria et a soudainement dominé les infections d’avril à juin 2021 », a-t-il déclaré, ajoutant qu’après la détection de la variante Delta chez les voyageurs, qui était la variante la plus dominante (32 %), elle s’est rapidement répandue dans tout le pays, devenant la lignée la plus dominante en juillet 2021 et le restant jusqu’en septembre 2021 dans tout le Ghana.

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L’étude visait à fournir un cadre pour la surveillance continue de l’évolution du SRAS-CoV-2 au Ghana et en Afrique en général, a expliqué M. Morang’a, ajoutant qu’elle représente une étape importante dans le renforcement des capacités locales de séquençage et d’analyse du génome en Afrique subsaharienne.

Segun Fatumo, chef du groupe African Computational Genomics et professeur associé d’épidémiologie des maladies non transmissibles à la London School of Hygiene & Tropical Medicine en Angleterre, a déclaré que l’étude représentait l’analyse génomique la plus complète des virus COVID-19 au Ghana.

« En utilisant la séquence génomique du SRAS-CoV-2 de plus d’un millier d’individus, les auteurs ont pu suivre l’évolution moléculaire et leurs variantes au Ghana, montrant la transmission des variantes du SRAS-CoV-2 au Ghana depuis d’autres pays », a déclaré Fatumo.

Il a ajouté que l’étude donnait l’occasion aux décideurs africains de renforcer les systèmes de surveillance des maladies et de créer des politiques qui aideraient à se préparer à la prochaine pandémie.

M. Morang’a a déclaré que la pandémie de COVID-19 n’est pas prête de s’arrêter et que l’Afrique doit rester vigilante pour la combattre car de nouvelles variantes peuvent apparaître dans le monde, ajoutant que les vaccinations et les options thérapeutiques doivent être prioritaires.

Source :

Référence du journal :

Morang’a, C.M., et al. (2022) Diversité génétique des infections à SARS-CoV-2 au Ghana entre 2020 et 2021. Nature Communications. doi.org/10.1007/s12274-022-4457-5.

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Apasionado del running, vegano a los 25 años y comercial de la ropa, me incorporé al equipo de redacción de AltaVision.news en noviembre de 2021