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Excrétion de coronavirus par des chauves-souris frugivores en Afrique, avec un potentiel de transmission de pathogènes zoonotiques.

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Dans une étude récente publiée dans la revue PLoS ONE, les chercheurs ont évalué les schémas d’excrétion temporelle du coronavirus (CoV) dans les pays de l’Union européenne. Eidolon helvumla chauve-souris frugivore de couleur paille.

E. helvum est un ptéropode largement répandu en Afrique tropicale qui peut migrer sur des milliers de kilomètres ; elles se perchent dans les arbres pour former des colonies dynamiques, accueillant des millions de personnes. La chauve-souris est considérée comme un disperseur de graines unique en raison de sa migration. À ce titre, la conservation des E. helvum est crucial pour l’Afrique tropicale. Cette espèce s’est adaptée à la perte d’habitat en se perchant dans les arbres des zones urbaines. Cela expose potentiellement les humains aux excrétions de la chauve-souris et aux espèces pathogènes qui y sont excrétées.

Des études menées dans des colonies de chauves-souris urbaines et non urbaines ont signalé la présence d’acides nucléiques viraux et l’isolement de plusieurs virus appartenant à diverses familles taxonomiques. La famille de virus Coronaviridae a été précédemment détectée chez cette espèce. Cependant, les schémas d’excrétion des CoV chez cette espèce de chauve-souris restent mal définis et, en général, l’écologie des CoV chez les chauves-souris africaines est mal comprise.

Étude : Excrétion saisonnière de coronavirus par des chauves-souris frugivores de couleur paille dans des perchoirs urbains en Afrique. Crédit image : Ondrej Prosicky / ShutterstockÉtude : Excrétion saisonnière de coronavirus par des chauves-souris frugivores de couleur paille dans des perchoirs urbains en Afrique. Crédit image : Ondrej Prosicky / Shutterstock

A propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont examiné les schémas d’excrétion du CoV dans les pays suivants E. helvum afin de proposer des stratégies réalistes favorisant une coexistence plus sûre et éthique de cette espèce avec les humains. Ils ont étudié deux colonies urbaines de cette espèce de chauve-souris, situées à Accra, au Ghana, et à Morogoro, en Tanzanie. La colonie d’Accra a été étudiée entre mars 2017 et février 2018, tandis que le perchoir de Morogoro a été étudié d’août 2017 à juillet 2018.

Le nombre de chauves-souris dans chaque perchoir a été compté mensuellement. Quatre-vingt-dix-sept échantillons fécaux ont été collectés chaque mois dans chaque perchoir. L’ARN de 2 328 échantillons fécaux a été extrait, et des bibliothèques d’ADNc ont été préparées. Deux tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) ont été utilisés pour identifier les CoVs connus et nouveaux. Les produits amplifiés ont été clonés et séquencés. Une recherche BLAST (basic local alignment search tool) a été effectuée pour comparer les séquences avec les séquences génétiques existantes des CoV.

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Le cycle de reproduction des chauves-souris a été estimé sur la base 1) des données antérieures des auteurs à Accra et Morogoro, 2) des observations antérieures des deux perchoirs, 3) du pouls de naissance et de la période de lactation rapportés, 4) du pouls de naissance annuel synchronisé de cette espèce, et 5) de l’hétérogénéité dans le temps de la grossesse, de l’œstrus et du pouls de naissance. Le début de la période de lactation, la fin de la période des naissances et le début de la période de sevrage ont été considérés comme étant respectivement le 15 avril, le 15 juin et le 16 juin à Accra.

A Morogoro, l’équipe a assigné le 15 décembre comme début de la période de lactation, les 15 et 16 février comme dernière date du pouls des naissances, et le début de la période de sevrage. Le reste de la période de l’année a suivi immédiatement après ces points de temps. L’association entre l’excrétion du CoV et le cycle de reproduction a été évaluée à l’aide de deux modèles logistiques (effets fixes et modèles hiérarchiques).

Le panneau A montre l'emplacement des perchoirs en Afrique. Le panneau B montre certains des arbres occupés à l'hôpital militaire 37 à Accra, au Ghana, et le panneau C montre des chauves-souris perchées au marché Kikundi à Morogoro, en Tanzanie.

Le panneau A montre les emplacements des perchoirs en Afrique. Le panneau B montre certains des arbres occupés à l’hôpital militaire 37 d’Accra, au Ghana, et le panneau C montre des chauves-souris perchées au marché Kikundi de Morogoro, en Tanzanie. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0274490.g001

Constatations

La colonie de chauves-souris de Morogoro a atteint un pic d’abondance en février 2018, avec 45 000 habitants, tandis que le perchoir d’Accra a atteint un pic en décembre 2017 avec plus d’un million d’habitants. Quatorze échantillons fécaux provenant d’Accra et 125 de Morogoro étaient positifs pour les CoVs. La proportion mensuelle d’échantillons fécaux positifs était variable et culminait à 0,24 à Morogoro et 0,04 à Accra.

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La proportion d’échantillons positifs pendant les périodes de lactation et de sevrage était de 0 et 0,018 à Accra, et de 0,088 et 0,153 à Morogoro, respectivement. Les analyses BLAST ont révélé que tous les CoVs identifiés dans l’étude actuelle présentaient une séquence par paire identifiée avec le CoV de la chauve-souris Eidolon du genre Beta-CoV.

Selon le modèle à effets fixes, les chances d’excrétion du CoV étaient de 1,24 à 2,65 fois plus élevées que pendant la période du reste de l’année. Par rapport à la période de lactation, la probabilité d’excrétion du CoV était de 1,06 à 3,16 fois plus élevée pendant la période de sevrage. Le modèle hiérarchique a montré une augmentation de la probabilité d’excrétion du CoV dans les derniers mois de la période de sevrage par rapport au reste de l’année. En outre, la probabilité d’excrétion du CoV a augmenté pendant le pic de la période de sevrage par rapport à la période de lactation.

Conclusions

En résumé, les CoVs détectés dans les échantillons fécaux des chauves-souris des deux perchoirs avaient une identité de séquence élevée avec le CoV de la chauve-souris Eidolon. Rien ne permet de penser que les CoVs détectés dans les deux perchoirs constituent une menace pour la santé publique, sauf preuve contraire. Les résultats confirment le schéma d’excrétion saisonnière des CoVs dans les deux perchoirs, avec un pic d’excrétion pendant la saison de sevrage.

Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que les ressources visant à prévenir le contact entre l’homme et la chauve-souris devraient être ciblées pour être utilisées pendant les saisons de sevrage et limiter l’accès de l’homme aux perchoirs et aux zones adjacentes. En outre, la consommation de chauves-souris doit être découragée de manière générale, et la chasse/vente doit être interdite de manière saisonnière. Ces recommandations pour limiter l’exposition de l’homme aux chauves-souris s’appliquent à toutes les espèces de chauves-souris. E. helvum se perche à travers l’Afrique.