Accueil Santé & Bien-être Au Danemark, les réinfections par Omicron révèlent une immunité post-COVID-19 inefficace

Au Danemark, les réinfections par Omicron révèlent une immunité post-COVID-19 inefficace

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Dans une étude récente publiée sur le site Web de l medRxiv* Les chercheurs ont étudié les cas de réinfection par le SRAS-CoV-2 au Danemark en tenant compte des variantes.

L’évolution du SRAS-CoV-2 a conduit à l’émergence de multiples variantes préoccupantes (VOC) présentant une transmissibilité et une immuno-évasion accrues, comme l’Omicron, ce qui a entraîné une recrudescence des réinfections par le SRAS-CoV-2 et des difficultés dans l’atténuation du COVID-19 à l’échelle mondiale. Des études ont porté sur les fréquences de réinfection par le SRAS-CoV-2, mais elles se sont limitées aux données d’analyse de l’amplification en chaîne par polymérase de la transcriptase inverse (RT-PCR), dans lesquelles les lignées Pango du SRAS-CoV-2 ne sont pas précisées. En outre, un rapport de séquençage génomique est généralement classé comme infection initiale ou réinfection, mais les données de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour une infection initiale et une réinfection sont rarement rapportées ensemble pour un individu.

Étude : Increasing Cases of SARS-CoV-2 Omicron Reinfection Reveals Ineffective Post-COVID-19 Immunity in Denmark and Conveys the Need for Continued Next-Generation Sequencing. Crédit image : Noiel / Shutterstock Étude : L’augmentation des cas de réinfection par le SRAS-CoV-2 Omicron révèle une immunité inefficace post-COVID-19 au Danemark et révèle la nécessité de poursuivre le séquençage de nouvelle génération. Crédit image : Noiel / Shutterstock

A propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont caractérisé les réinfections par variante du SRAS-CoV-2 en se basant sur l’intégration de l’analyse RT-PCR et de l’analyse par séquençage du génome suivant (NGS) des séquences obtenues à partir de personnes danoises positives au SRAS-CoV-2 et de la base de données GISAID (global initiative on sharing avian influenza data).

Les données NGS et les métadonnées cliniques des infections primaires de SRAS-CoV-2 et des réinfections d’un même individu résidant au Danemark ont été analysées. Au total, 21 708 entrées de réinfections étaient disponibles entre le 1er mars 2020 et le 28 août 2022, avec des données sur les dates de prélèvement des échantillons concernant les infections primaires par le SRAS-CoV-2 et les réinfections.

L’équipe a documenté les métadonnées cliniques du SRAS-CoV-2 comme les points de temps des infections initiales et ultérieures du SRAS-CoV-2 pour mesurer la durée entre les infections initiales et ultérieures du SRAS-CoV-2. En outre, les résultats des analyses RT-PCR et NGS étaient disponibles pour les infections primaires et les réinfections, respectivement.

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L’équipe a exclu 70 entrées de cas (< 1 % du total des cas) (n=70) présentant des lignées Pango identiques pour les infections primaires et les réinfections, car ces entrées pourraient être représentatives d'infections non résolues par le SRAS-CoV-2 plutôt que de réinfections. En outre, les données de COV Beta, Gamma et " autres " (sans nomenclature Pango universellement acceptable) ont été exclues en raison des faibles niveaux de séquence.

Les cas de réinfection ont été stratifiés par variante et sous-variante. La base de données GISAID a été consultée pour deux fichiers : un ensemble de fichiers comprenant les métadonnées actuelles de >12 millions de séquences de SRAS-CoV-2 et le second ensemble comprenant des fichiers de métadonnées filtrés des seuls résidents du Danemark ayant deux infections associées de SRAS-CoV-2 documentées.

Résultats

La primo-infection et la réinfection par Omicron (c’est-à-dire les infections par Omicron-Omicron) ont été signalées comme survenant dans un délai plus court (même dans les trois semaines, 22 semaines en moyenne) que les infections par non-Omicron-Omicron. Les réinfections par Omicron dans les dix semaines suivant l’infection initiale par Omicron ont été largement rapportées en raison du BA.1, suivi du BA.2.

La fréquence des réinfections était significativement plus élevée avec Omicron (25%, N=1875) après des infections primaires avec n’importe quel COV. Aucun cas de réinfection induite par le COV Alpha n’a été signalé, tandis que le COV Delta a provoqué des réinfections dans 2,3 % (n=169) des cas. Les estimations pré-Omicron de l’immunité naturelle induite par l’infection étaient supérieures à 90 %, qui sont tombées à moins de 10 % en trois à quatre mois.

Parmi les personnes ayant contracté des infections primaires induites par Delta, les réinfections dues à la variante Delta <1% (n=18) mais pour Omicron les réinfections étaient de 41% (n=3060 cas). De plus, les réinfections avec le même VOC mais des sous-variants différents n'étaient que de 0,3 % (n=24), sauf pour Omicron (4,6 %, n=340). 93 % des personnes réinfectées à partir de mars 2020 présentaient des réinfections Omicron, ce qui indique que l'infection initiale par le SRAS-CoV-2 avec la souche Wuhan-Hu-1, la variante Alpha VOC ou Delta VOC n'a pas pu conférer une protection immunitaire adéquate contre les réinfections, en particulier pour les réinfections Omicron.

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Des réinfections par la souche Omicron ont été signalées dans 62 % (n=211), 20 % (n=68) et 30 % (n=102) des cas où les infections primaires par le SRAS-CoV-2 étaient causées par les souches Omicron BA.1, BA.2 et BA.5, respectivement. Les personnes atteintes d’infections primaires par la souche BA.2 présentaient une fréquence élevée de réinfection (38 %, n=129) par la sous-variante Omicron BA.5 (26 %, n=89). Les résultats indiquent que même si la protéine de pointe (S) du SRAS-CoV-2 des trois sous-variantes Omicron est similaire, les différences entre les sous-variantes Omicron étaient suffisantes pour empêcher les anticorps nAbs (anticorps neutralisants) induits par l’infection Omicron BA.1/2 de se lier à la S Omicron BA.5.

Conclusions

Les résultats de l’étude ont montré que la plupart des cas de réinfection par le SRAS-CoV-2 étaient dus à Omicron. Les réinfections par l’Omicron chez les personnes ayant contracté une infection primaire par l’Omicron se sont produites sur une courte période, aussi peu que trois semaines. Les résultats indiquent que les infections primaires par des COV non Omicron n’ont pas suffi à assurer une protection immunitaire pour prévenir les réinfections par Omicron.

En outre, les résultats soulignent la transmissibilité et l’immuno-évasion d’Omicron et la nécessité de mettre à jour les vaccins contre le SRAS-CoV-2, de poursuivre la surveillance du SRAS-CoV-2 et d’évaluer l’évolution du SRAS-CoV-2 afin d’orienter l’élaboration des politiques pour améliorer la santé publique dans le monde entier. En outre, l’analyse souligne la nécessité d’analyser les données NGS au niveau individuel afin de fournir des estimations précises des risques de réinfection par le SRAS-CoV-2.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et qui, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement en matière de santé ou être traités comme des informations établies.